环境代码都装好了，连激活都不用——云服务器上一条命令搞定分子对接

写在前面：想筛一个可能结合靶点蛋白的小分子，第一步往往是分子对接——把小分子"放进"蛋白口袋里，算算结合得牢不牢。听起来酷，做起来劝退：装 AutoDock Vina、配 Python 环境、把蛋白和小分子转成 PDBQT、手动框对接区域……这套流程现在被打包成了一个脚本，环境激活都内置在里面。你要做的只有三件事：生成配置、填两个编号、回车。

单次对接：约 1–5 min｜GPU：无需｜CPU：主要计算资源｜内存：低占用｜输入：PDB ID + PubChem CID｜输出：最佳结合构象 + 复合物结构

一、分子对接是在"算什么"

蛋白质执行功能，常常从"结合一个小分子"开始——药物起效也是如此。分子对接就是在计算机里模拟这件事：

把小分子（配体）摆到蛋白（受体）表面的各个位置、各个朝向，穷举可能的结合姿势；

对每种姿势打一个"亲和能"分数（单位 kcal/mol）

按分数排序，最优姿势就是预测的结合模式。

AutoDock Vina 是这个领域用得最广的开源工具之一（Trott & Olson, J. Comp. Chem. 2010；Eberhardt 等, J. Chem. Inf. Model. 2021），速度快、精度可靠。这次部署的脚本在 Vina 外面包了一整条自动化流水线。

二、三步走：init → 填配置 → 运行

这次连 source 激活环境都不用——脚本内部会自动激活公共环境 vina-docking，全程无感。登录服务器后，先在自己目录下建个工作文件夹并进入：

mkdir -p ~/tool
cd ~/tool

将共享代码下载并解压到自己的 ~/tool/ 目录下并进入项目vina-docking

wget -P ~/tool "http://iyun70.com:8011/softs/shareCodes/vina-docking.zip"
unzip vina-docking.zip
cd ~/tool/vina-docking

bash ~/tool/vina-docking/run.sh -h可以获取帮助信息，使用前了解

第一步，生成配置文件：

bash ~/tool/vina-docking/run.sh init

当前目录下会多出一个 config.yaml，打开它，要填的核心就三个空：

protein:
  pdb_id: 3RT3          # 蛋白的 PDB 数据库编号
ligand:
  pubchem_cid: 52949968  # 小分子的 PubChem CID 编号
output:
  path: .               # 结果输出目录（默认当前目录，别填公共路径）

蛋白结构和小分子结构都不用自己准备——脚本会按这两个编号自动从 PDB 和 PubChem 下载。下面的 docking 段是进阶参数（cpu 核数、搜索广度 exhaustiveness、输出构象数 num_modes），默认值直接能用，不懂不动。

第二步（也是最后一步），直接进行主分析：

bash ~/tool/vina-docking/run.sh config.yaml

然后等结果出现在自己目录就行。想挂后台、断开 SSH 也不怕的话：nohup ~/tool/vina-docking/run.sh config.yaml > docking.log 2>&1 &

三、演示实例：抗病毒蛋白 × 小分子

这次演示用的蛋白是 PDB 编号 3RT3——人源抗病毒因子 ISG15 与流感病毒非结构蛋白 NS1B 的复合物结构（2051 个原子），配体是 PubChem 编号 52949968 的一个小分子。两个编号填进配置，一条命令下去，脚本自动走完八步：

下载结构：按 PDB 编号和 CID 编号自动拉取 protein.pdb 和 ligand.sdf；

准备受体 / 配体：自动完成加氢、加电荷并转成 Vina 专用的 PDBQT 格式（这步手动做最折腾，现在无感跳过）；

自动框选对接区域：盲对接（blind docking）模式，根据蛋白整体尺寸自动生成对接盒，不用手动画格子；

Vina 对接：穷举小分子的结合姿势并打分；

提取最优构象 → 转回 PDB → 拼出蛋白-配体复合物：直接给你能拿去看图软件打开的最终结构。

四、结果：一张打分表 + 一套结构文件

对接完成后，终端会打出全部构象的打分表（按亲和能排序）：

 mode |   affinity | dist from best mode
     | (kcal/mol) | rmsd l.b.| rmsd u.b.
-----+------------+----------+----------
   1       -6.108          0          0
   2       -5.899      1.586      2.098
   3       -5.576      4.635      10.16
   4       -5.543      18.09      21.62
   5       -5.523      38.93      41.38
  ...

头号构象亲和能 -6.108 kcal/mol。经验上，亲和能 ≤ -5 kcal/mol 说明有可见的结合能力，越负结合越稳；前两名分数接近且 RMSD 小，说明最优姿势站得比较稳，不是偶然撞出来的。

输出目录里是一套完整的结构文件：原始蛋白 protein.pdb、配体 ligand.sdf、两者的 PDBQT、最优构象 best_pose.pdb，以及直接可用于可视化/发文章的复合物 complex_best_pose.pdb——用 PyMOL、VMD 或 ChimeraX 打开，就能看到小分子嵌在蛋白表面的样子。

五、小结

回顾一下这次的体验：

不用装环境、不用激活环境——脚本内置激活公共环境 vina-docking，登录即用；

不用自己下载和转换结构——给两个数据库编号，下载、加氢、转格式全自动；

不用手动画对接盒——盲对接自动框选全蛋白；

结果只写自己的目录，公共路径只读不写。

这套流程已经部署在云生信服务器上：带上你感兴趣的蛋白 PDB 编号和小分子 CID 编号，登录就能跑出同款结果。如果有公共数据库或环境方面的需求、以及时间紧张并希望直接拿到分析结果的想法，可以咨询服务器销售顾问，云生信顾问提供人工服务：数据处理、绘图与结果解读，按项目交付。