使用镜像地址快速下载并解压 SRR 数据

直接从 NCBI 下载 SRR 数据在很多网络环境下速度较慢且不稳定。 一个更高效的做法是使用 SRA 官方公开镜像（AWS S3），通常可以获得非常理想的下载速度。 通过这种方式，只需 下载一次 SRA 文件并解压，即可得到 单端（SE）或双端（PE）测序数据。

⚠️ 注意：不是所有 SRR 都在 S3 镜像上可用，如果下载失败，请尝试使用 prefetch 或官方 FTP。

示例 SRR 号

• SRR7478302
• SRR7478246

使用镜像地址下载 SRR 数据

SRA 镜像地址格式固定，只需将 SRR 号拼接到 URL 中即可：

wget -c https://sra-pub-run-odp.s3.amazonaws.com/sra/SRR7478302/SRR7478302

wget -c https://sra-pub-run-odp.s3.amazonaws.com/sra/SRR7478246/SRR7478246

-c 参数支持断点续传，强烈建议保留。

下载完成后，会得到对应的 SRA 文件。

解压 SRA 文件为 FASTQ

SRA 文件需要使用 SRA Toolkit 进行解压，推荐使用速度更快的 fasterq-dump。

检查是否已安装 SRA Toolkit

fasterq-dump --version

如果能正常输出版本信息，说明已安装。

解压 SRA 文件

fasterq-dump ./SRR7478302

⚠️ 注意：一定要加 ./ 指定本地文件，否则 fasterq-dump 会尝试在线下载 SRR 数据，几乎总是失败。

解压完成后，会在当前目录生成 FASTQ 文件。

常用解压参数（推荐）

指定输出目录并使用多线程，加快解压速度：

fasterq-dump ./SRR7478302 \
  -O fastq \
  -e 8 \
  --split-files

参数说明：

• -O fastq：指定 FASTQ 输出目录
• -e 8：使用 8 个线程进行解压
• --split-files：双端数据生成 _1 和 _2 两个 FASTQ 文件

小结

步骤	说明
下载	使用 AWS S3 镜像，速度快、稳定
文件格式	下载得到 SRA 文件
解压工具	fasterq-dump（推荐）
单端判断	生成 1 个 FASTQ 文件
双端判断	双端数据 → 使用 --split-files 生成 _1 / _2 两个 FASTQ 文件