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安装我们准备好的 QIIME2 环境(推荐) ​

以下步骤演示如何使用我们预先打包好的 QIIME2 CondaPack 环境,无需在线创建环境,可直接解压即可使用。

1. 下载打包好的 QIIME2 环境 ​

bash
wget http://192.168.5.250:8011/softs/condaPacks/qiime2-amplicon-2024.10.tar.gz

2. 创建空环境并获取 Conda 安装目录 ​

bash
conda create -n qiime2 -y
CONDA_BASE="$(conda info --base)"

3. 解压 CondaPack ​

bash
mkdir qiime2
tar -xzf qiime2-amplicon-2024.10.tar.gz -C qiime2

4. 替换原来的环境目录 ​

将 Conda 自动创建的空环境备份:

bash
mv "$CONDA_BASE/envs/qiime2" "$CONDA_BASE/envs/qiime2.bak"

将解压得到的环境移动进去:

bash
mv qiime2 "$CONDA_BASE/envs/qiime2"

5. 激活环境 ​

bash
conda activate qiime2
conda-unpack

conda-unpack 会修复 CondaPack 环境中原机器的路径,首次解压后必须执行一次。

6. 测试 QIIME2 是否可用 ​

bash
qiime --version

示例输出:

q2cli version 2024.10.1
Run `qiime info` for more version details.