Cell Ranger 安装指南

1. 创建工具目录并进入

首先，创建一个 tools 目录用于存放所有的工具，并进入该目录：

mkdir -p ~/tools ; cd ~/tools

2. 下载 Cell Ranger 安装包

使用 wget 下载 cellranger 安装包： 此处为我们服务器内部链接 也可从官网下载

wget http://iyun70.com:8011/softs/cellranger-8.0.1.tar.gz

3. 解压安装包

解压下载的 tar.gz 文件：

tar -zxvf cellranger-8.0.1.tar.gz

4. 临时设置环境变量

假设你将 cellranger 解压到 ~/tools/cellranger-8.0.1 目录下，执行以下命令后可在当前终端直接运行 cellranger：

export CELLRANGER=~/tools/cellranger-8.0.1
export PATH=$CELLRANGER/bin:$PATH

关闭终端后，上述临时配置会失效。

5. 永久加入环境变量（可选）

将上述两行添加到你的 shell 配置文件中（如 ~/.bashrc 或 ~/.zshrc），以便每次打开终端时自动加载：

echo "export CELLRANGER=~/tools/cellranger-8.0.1" >> ~/.bashrc
echo "export PATH=\$CELLRANGER/bin:\$PATH" >> ~/.bashrc

6. 更新环境变量

使环境变量配置生效：

source ~/.bashrc  
# 或者 source ~/.zshrc

7. 验证安装

通过运行 cellranger 命令来验证安装是否成功：

cellranger --help

如果看到帮助信息，说明安装成功。