安装 EMBOSS 及 transeq 工具

EMBOSS（European Molecular Biology Open Software Suite）是一个生物信息学工具集，包含多个用于分子生物学分析的工具，其中 transeq 用于将 DNA 序列转换为蛋白质序列。

1. 解压并安装 EMBOSS

首先，下载并解压 EMBOSS 包：

tar -xvf emboss-6.6.0.tar.gz

然后，配置并安装 EMBOSS：

./configure --prefix=$(pwd)/local && make -j && make install

--prefix=$(pwd)/local 会将 EMBOSS 安装到当前目录的 local 子目录下。

2. 临时添加到 PATH

如果只想在当前终端会话中使用 transeq 工具，可以临时将其添加到 PATH 环境变量中：

export PATH=$(pwd)/local/bin:$PATH

这只会影响当前终端，关闭终端后设置会丢失。

3. 永久添加到 PATH

如果希望在所有终端中使用 transeq，可以将其永久添加到 PATH：

echo "export PATH=$(pwd)/local/bin:\$PATH" >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc

这会将安装路径添加到 .bashrc 文件中，之后每次打开新终端时，都会自动生效。