Conda 环境准备与 SCP 加载示例

1. 查看 Conda 可执行文件路径

bash

which conda

2. 创建独立环境（示例环境名：SCP_env）

bash

mamba create -n SCP_env python=3.8 -y

3. 激活环境并安装依赖

bash

conda activate SCP_env
mamba install -c conda-forge scvelo anndata scanpy==1.9.6 numpy pandas matplotlib

或如果只有conda 则为

Shell

conda activate SCP_env
conda install -c conda-forge scvelo anndata scanpy==1.9.6 numpy pandas matplotlib

4. 在 R 中指定 Conda 配置并加载 SCP

进入 R 后执行以下设置：

# reticulate.conda_binary 上述conda路径
# SCP_env_name 上述环境名
options(
  reticulate.conda_binary = "/path/to/miniforge3/condabin/conda",
  SCP_env_name = "SCP_env"
)

library(SCP)

说明：
reticulate.conda_binary 请填写你的 Conda 真实路径
SCP_env_name 为创建的环境名
配置完成后即可直接使用 SCP 包，无需手动激活环境

Conda 环境准备与 SCP 加载示例 ​

1. 查看 Conda 可执行文件路径 ​

2. 创建独立环境（示例环境名：SCP_env） ​

3. 激活环境并安装依赖 ​

4. 在 R 中指定 Conda 配置并加载 SCP ​

Conda 环境准备与 SCP 加载示例

1. 查看 Conda 可执行文件路径

2. 创建独立环境（示例环境名：SCP_env）

3. 激活环境并安装依赖

4. 在 R 中指定 Conda 配置并加载 SCP